#!/usr/bin/env python
# coding: utf-8

# # Zadání semestrální práce 2015 - kvasinky

# Cílem práce je sledování pohybu kvasinek v obrazu z mikroskopu. Úloha je rozdělena na dvě části:
# 
# * Nalezení modelu pozadí
# * Sledování kvasinek
# 
# V první části jde o nalezení pozadí. To je ve videích poměrně neměnné. Prakticky je nutné naimplementovat třídu `BackgroundModel`. 
# 
# Druhá část řeší vlastní sledování kvasinek. Tam je úkolem nalezení pohybující se kvasinky, určení její polohy v pixelech a směru jejího pohybu (předpokládanou polohu v následujícím framu).

# ![kvasinky](http://147.228.240.61/zdo/2015/kvasinky-res.png)

# Data:
# 
# http://147.228.240.61/zdo/2015/converted/
# 
# případně alternativně
# 
# http://147.228.240.61/zdo/2015/converted2/
# 
# 
# Základ pro semestrální práci
# http://github.com/neduchal/ZDO2015_sem_prace/

# ## Komentář k první části

# Využijte již připraveného základu pro semestrální práci a doplňte modul `cast_1/src/model.py`
# 
# Funkce `add_frame` může být volána například pro každý snímek videa a můžete ji využívat pro zadávání dat pro trénování a zpřesňování modelu.
# 
# Funkce `get_model` vrací model - obrázek pozadí.

# ## Práce s videem

# In[2]:


get_ipython().run_line_magic('pylab', 'inline')


# In[2]:


# http://147.228.240.61/zdo/2015/converted/


# In[3]:


import numpy as np
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt


# In[7]:


cap = cv2.VideoCapture('/home/mjirik/Stažené/kvasinky1')
# prostor pro inicializaci


while(cap.isOpened()):
    ret, frame = cap.read()

    gray = cv2.cvtColor(frame, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
    
    # zde místo pro práci s každým snímkem
    
    
#     cv2.imshow('frame',gray)
    if cv2.waitKey(1) & 0xFF == ord('q'):
        break
# plt.imshow(frame)
cap.release()
cv2.destroyAllWindows()


# ## Alternativní načítání obrázků z adresáře

# In[8]:


import scipy
import scipy.misc
import glob
# import model
# import tracker


# prostor pro inicializaci
# 1.část
# bm = model.BackgroundModel()
# 2.část
# tr = tracker.Tracker()

files = sorted(glob.glob('/home/mjirik/tmp/kvasinky1/*.jpg'))

for filename in files:
    img = scipy.misc.imread(filename)
    # zde místo pro práci s každým snímkem
    
    # 1.část
    # bm.add_frame(gray_img)
    # model = bm.get_model()
    # img_without_background = img - model
    
    # 2.část
    # tr.track_in_frame(gray_img)

# ulož výsledky
# tr.saveCsvFile()